O Primeiro-Ministro tutela e orienta o Secretário-Geral do Sistema de Informações da República Portuguesa, a quem cabe, através do seu Diretor, a condução das atividades do Serviço de Informações de Segurança. O SIS partilha com o Serviço de Informações Estratégicas de Defesa os Departamentos Comuns de Segurança, Recursos Humanos, Finanças e Administração e Informática.
As prioridades do SIS são definidas anualmente na reunião do Conselho Superior de Informações, presidida pelo Primeiro-Ministro.
Internamente, o SIS está organizado em diferentes departamentos operacionais de análise e operações, instalados na sede, em Lisboa e nas suas delegações nas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira e nos distritos do Porto e Faro.
O SIS está sujeito ao controlo e fiscalização de dois órgãos externos que garantem que a atuação do Serviço é desenvolvida no estrito respeito pela Constituição, pela Lei e pelos direitos, liberdades e garantias fundamentais dos cidadãos: o Conselho de Fiscalização do SIRP, que avalia não só a legalidade, como também a necessidade, adequação e proporcionalidade da atividade operacional do SIS e a Comissão de Fiscalização de Dados do SIRP, que verifica a legalidade da recolha, tratamento e conservação de dados pessoais nas bases de dados do SIS.