A atividade do SIS é objeto de fiscalização independente e permanente, garantindo que todas as ações do Serviço respeitam a Constituição e a Lei.
Esta fiscalização é assegurada por dois órgãos especializados:
- O Conselho de Fiscalização do SIRP, eleito pela Assembleia da República, que supervisiona a legalidade de toda a atividade do SIRP, incluindo a do SIS; e
- A Comissão de Fiscalização de Dados do SIRP, nomeada pelo Procurador Geral da República, que verifica o cumprimento das normas relativas à proteção e tratamento de dados geridos pelo Centro de Dados do SIS
Ambos garantem que o SIS atua com legalidade, transparência e respeito pelos direitos fundamentais, contribuindo para reforçar a confiança dos cidadãos no modo como o SIS cumpre a sua missão.